Die schlimmste Erfahrung für ihn war die Geiselnahme während der Olympischen Spiele in München im Jahr 1972. Genscher hatte sich den Palästinensern als Ersatzgeisel für die entführten Israelis angeboten. Die Entführer lehnten das jedoch ab. Der Versuch die Geiseln zu befreien endete in einem Blutbad. Bei der Geiselnahme von München am 5. September 1972 stürmten acht bewaffnete Mitglieder der palästinensischen Terrororganisation „Schwarzer September“ das Wohnquartier der israelischen Mannschaft während der Olympischen Sommerspiele in München und nahmen elf Mannschaftsmitglieder als Geiseln. Zwei bei dem Angriff beziehungsweise wenig später durch Schüsse schwer verletzte Israelis starben bereits in den ersten Stunden der Geiselnahme. Die Geiselnehmer verlangten unter anderem die Freilassung von 232 Palästinensern aus israelischen Gefängnissen. Er hatte nach dieser Niederlage seinen Rücktritt angeboten. Der damalige Bundeskanzler Brandt lehnte diesen jedoch strikt ab. „Nichts ist schlimmer als die Machtlosigkeit nicht helfen zu können, wenn Menschen sterben“, sagte Genscher 40 Jahre nach der Bluttat. Unmittelbar nach dem Blutbad gründete Genscher die GSG9.
1992 wurde Genscher das große Verdienstkreuz Polens und Ungarns verliehen.
